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スパコンを使って希少な遺伝子変異がん患者の治療薬を見つけられる可能性、「がんゲノム医療」精度向上に

ニューススパコン

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Introduction

1 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 09:25:25.60 ID:eDKTFwnl9.net

朝日新聞デジタル 2019年5月8日9時0分
https://www.asahi.com/articles/ASM4W45KVM4WULBJ002.html

 スーパーコンピューターを使い、治療法のない希少な遺伝子変異のがん患者への治療薬を見つけられる可能性がある。
慶応大学などのチームのそんな研究成果が、1日付の米科学アカデミー紀要(電子版)に掲載された。
がん細胞の遺伝子を網羅的に調べて患者に合った治療法を探る「がんゲノム医療」の精度を高められる可能性があるという。

 チームは、がん細胞の増殖に関わる「EGFR」という遺伝子に着目。
日本人の肺がん患者約2千人のがん細胞の遺伝子を解析した。EGFR遺伝子は約3700塩基からなり、変異の場所や仕方によって薬の効き方が異なる。
約8割は変異の場所が集中しているが、残りの2割は変異の種類が多様で、患者数が少なく薬が開発されていないという。

 希少な9種類の変異について、スパコンを使い、変異で生じるたんぱく質の構造変化と、薬の効き方の違いをシミュレーションした。
その結果、培養した細胞で薬の効果を調べた実験結果と高い相関があることを確認した。

 チームの安田浩之・慶大専任講師(呼吸器内科)は、一つの遺伝子でも、がん細胞の変異には多様性があり、
一つひとつ細胞実験をして薬の効果を確かめるのは難しいと指摘。
「スパコンでの治療効果予測は、ゲノム医療で最適な薬を見つける補助的なツールとして使える可能性がある」と話す。


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ネットの反応

2 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 09:28:51.64 ID:9Q9r3HpO0.net
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医者の給与や資産を制限して科学者に回せなかったのがこの国没落の原因

3 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 09:29:41.09 ID:K6lNAtUU0.net
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ゲノム創薬
遺伝子の鍵穴に鍵を差し込んで変異を止める魔法の薬
これ開発した人はノーベル賞もらったが問題が一つ、鍵を見つけるのが大変
人間に副作用がない鍵をみつけるのがこれほど大変だとはねえ

11 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 10:01:43.26 ID:387ow9mv0.net
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こんな研究用には予算をかけることはできない by 自民党

14 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 10:17:49.41 ID:qnB7Ie5h0.net
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スパコンで抗がん剤の成分をしっかり解析・解釈してなにが利くのかを調べればいい
抗がん剤に限らず薬は作用機序がはっきりしないものが非常に多い
作用機序がはっきりしないからなにがどう効いているのかがわからない

15 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 10:24:30.28 ID:bXFYAZgN0.net
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とりあえず先に稀少じゃない方のがんの治療薬発見に全力を尽くそうや

17 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 10:33:12.90 ID:6RFpYAmi0.net
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>>15
希少じゃ無い方はある程度の薬がある

21 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:01:42.83 ID:6f/9fJwu0.net
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ガンはウイルスではない
もう少し詳しくいうなら
がん細胞は、宿主から栄養をもらって生きているんだよ
栄養をもらうための血管が存在する
この血管を破壊するか、つまらせるだけでいいんだよ
副作用がない治療になるだろう
やりかたはいろいろだね がん細胞をやっつける細胞を活性化するとかね(免疫療法)

23 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:07:02.48 ID:Mla8ri9a0.net
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UDプロジェクトで随分PC回したなあ
あれ何かの役に立ったのかね

41 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 22:03:56.39 ID:VcjdUNM70.net
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>>23
後継プロジェクトあるよ!
また回そうや
boinc入れたって

36 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 13:54:29.46 ID:mwkORYVM0.net
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>>23
今はBOINCに取って代わられたけど、いろいろやってるよね。

25 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:12:07.21 ID:nvZpVlhb0.net
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コインハイブの技術でhpを表示するだけで協力できる時代が来たかもしれんのに
なぜ潰したし

27 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:15:58.19 ID:832AGFCI0.net
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「2位じゃだめなんですか?」

しかし、慶應か。スパコン使うなら旧帝大と共同研究したほうがいいな。

30 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:26:40.66 ID:Wv+/eVri0.net
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>>27
多分スパコン借りることぐらいできると思うが?
研究時代に他の大学のスパコンを使わせてもらったことがある。
リターン押して1カ月戻ってこない計算量だけどなw

39 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 18:32:28.79 ID:832AGFCI0.net
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>>30
京大と共同研究していて、理化学研究所の京を使ってるようだな。
http://clinfo.med.kyoto-u.ac.jp/

31 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:35:16.18 ID:ZOCvZTrv0.net
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よくnhkで「スパコン創薬は鍵穴の総当たり戦です」とわかりやすく
図式化して見せてるけど
プログラミングの手法的にはpcゲームの巨大版でしょ。
「こうきたら、こう反応、効果の評価、ダメージの評価」みたいな。
薬のシミュレーションは前提条件を数個から100くらいの範囲で作れるものなのかね。

32 : 名無しのシステムエンジニアさん 2019/05/08(水) 11:40:30.18 ID:Wv+/eVri0.net
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>>31
創薬についてはよくわからんけど、スパコンに投げる場合は並列処理で仕事投げていけばいいだけだから、論理的には可能。
同じ仕事をたくさんさせる場合と違う仕事をさせる場合があるけどね。

Posted by flac